随着体细胞克隆技术的发展，它与人类生产和生活的关系也就愈发密切，不同研究领域的科研人员都提出了克隆技术在不同领域的应用前景。除应用于农业畜牧业和保护濒危动物外，在医学领域的应用显得更为重要。克隆技术与基因疗法的结合，使得全面、彻底、高效的遗传疾病治疗成为可能。例如，为治疗遗传缺陷，可将修改后的基因导入早期胚胎细胞，使其具备正确的基因，然后将此正常细胞移入去核卵母细胞中，再将胚胎移入母体，即可发育成正常的胎儿。此项方法也比传统的基因治疗方法好得多。此外，利用克隆技术可以产生人体所需的内脏器官，用于器官移植或替换体内衰老及发生病变的器官。例如正在进行的利用克隆猪提供人类器官的研究，即是先把引起人类对猪器官免疫排斥反应的基因敲除后，将人类基因整合到猪的细胞的基因组中，克隆出可供人类器官移植用的带有人类基因的猪器官。克隆技术将有望使此项工作应用到临床上，这样就可以缓解捐献器官的严重不足，挽救千百万人的生命。同时，还可以应用克隆技术克隆出大量基因型相同的动物来进行临床实验，既可以保证实验动物的供给，又可以消除由于遗传基因不同给临床实验带来的混乱。
随着体细胞克隆动物的相继诞生以及人类胚胎干细胞系的建立，“治疗性克隆”逐渐成为可能的医疗方法。“治疗性克隆”是指通过核移植技术构建来源于病人体细胞的胚胎，待胚胎发育至囊胚阶段后取出内细胞团，在体外培养胚胎干细胞，然后定向诱导胚胎干细胞分化成病人所需要的细胞类型，然后再移植回病人身上；或通过组织工程构建病人所需要的组织或器官，移植给病人，来替代或补充病变或受到损伤的细胞、组织和器官，从而实现对疾病的治疗。例如治疗帕金森氏病和糖尿病等。
关于克隆人自2001年11月25日美国先进细胞技术公司（ACT）报道了利用克隆技术培育出人类早期胚胎（4、6细胞期），这个消息一瞬间就传遍了世界，在全球引发轩然大波，激起了各国争议，因为它离克隆人只有一步之遥。为什么说是一步之遥呢？因为构建成的胚胎只要移入妇女子宫，就有可能发育成个体（即克隆人），它比治疗性克隆技术的复杂程序要简单得多。因此，人们十分担心，少数人在经济利益的诱惑下，和其他情况下，很难保证他们不越轨而硬闯克隆人的禁区。我们一定要采取措施给予制止。
虽然目前个别国家的个别人以及一些邪教鼓噪克隆人，但全世界绝大多数国家如我国、德国、日本、澳大利亚、墨西哥、美国、新西兰、英国、巴西、意大利以及欧盟等都坚决反对克隆人。除日本等少数国家对人类胚胎也禁止外，绝大多数国家对为了医学的目的克隆人类胚胎表示支持。我国卫生部发言人明确表示对克隆人不赞成、不支持、不允许和不接受。但我国赞成治疗和预防疾病为目的的人类胚胎干细胞研究。由于人类胚胎研究存在双重属性，于是我们必须使用好这把“双刃剑”发挥其有利一面，限制其不利一面，让这把“双刃剑”像利用原子能一样，为全世界人类生存和幸福服务。
在克隆动物中涉及伦理问题应该说不那么突出。应该善待克隆动物，尤其是家畜和濒危物种。所谓克隆中的伦理问题是指“克隆人”而言。
